Herunder ses en liste over skibe, der har været ejet af, eller har sejlet for Samsø Linien A/S, Danmark. Listen er ikke nødvendigvis fuldstændig, da der kun er medtaget de skibe, der er registreret i færgelejet
Tallene i parentes er det årstal eller det tidsrum, hvor skibet var tilknyttet rederiet. Listen er sorteret efter årstal.