Herunder ses en liste over skibe, der har sejlet I tjeneste for den kejserlige marine i Ærøsund. Listen er ikke nødvendigvis fuldstændig, da der kun er medtaget de skibe, der er registreret i færgelejet
Tallene i parentes er det årstal eller det tidsrum, hvor skibet har sejlet på ruten. Listen er sorteret efter årstal.