Herunder ses en liste over skibe, der har sejlet Havnebus i Københavns Havn. Listen er ikke nødvendigvis fuldstændig, da der kun er medtaget de skibe, der er registreret i færgelejet
Tallene i parentes er det årstal eller det tidsrum, hvor skibet har sejlet på ruten. Listen er sorteret efter årstal.
Arriva I (2000)
Holmen (2000-)
Arriva II (2000)
Bryggen (2000-2020)
Netto III (2007-2009)
Arriva 3 (2009-2010)
Netto III (2009-)
Netto IV (2009-)
Nyhavn (2010-)
Nordhavn (2014-2020)
Arriva 1 (2020)
Arriva 3 (2020)
Arriva 5 (2020)
Refshaleøen (2020-)
Arriva 2 (2020)
Arriva 4 (2020)
Bryggen (2020-)
Holmen (2020-)
Sydhavn (2020-)
Nyhavn (2020-)
Nordhavn (2020-)
Christianshavn (2020-)